宇宙ミッション中の事故で特殊能力を得た4人のヒーロー・チームは、その力と正義感で人々を救い、“ファンタスティック4”と呼ばれていた。世界中で愛される彼ら家族に間もなく新たな命が加わろうとした時、チームリーダーで天才科学者のリードが宇宙神ギャラクタスを呼び寄せてしまう。滅亡へのカウントダウンが進む中、一人の人間として葛藤を抱えながらもファンタスティック4は強大な敵に立ち向かうのだった。

キャプテン・マーベルの前に突如、過去の因縁から復讐を誓う謎の敵が現れ、その狙いは地球をはじめキャプテン・マーベルが守ってきたすべてを滅ぼす計画を立てていた。かつてない危機が迫る中、力を覚醒させた敏腕エージェントのテヨナ、アベンジャーズのオタク高校生ヒーローのカマラとキャプテン・マーベルが入れ替わる現象が発生する。これまで単独で戦ってきたキャプテン・マーベルだったが、この運命の繋がりからチームを結成して宇宙の脅威に立ち向かうのだった。

大手メディア「デイリー・プラネット」で平凡に働くクラーク・ケント、彼の本当の正体は人々を守るスーパーヒーローの「スーパーマン」である。子供も大人も愛する地球で生きるすべての人を守り救う為、日々戦うスーパーマンは誰からも愛される存在となっていた。そんな中、彼を地球の脅威とみなし暗躍する最高の頭脳を持つ宿敵であり、大富豪の天才科学者のレックス・ルーサーは世界を巻き込む計画が動き出すのだった。

1970年代のアイルランドのとある田舎町で、名うての暗殺者フィンバー・マーフィーは老齢を理由に引退を決意して静かに暮らそうとした。しかしその矢先、ベルファストで凄惨なテロ事件を起こしたアイルランド共和軍の過激派グループが町へ逃げてくる。フィンバーは彼らの一人が地元の少女を虐待しているところを助けるが、そのせいで過激派グループの恨みを買った事で壮絶な戦いが繰り広げられるのだった。

亡き弟の遺言に従い、遺灰をエベレストに撒く為にネパールを訪れたマイク。標高3500メートルの高地を走る観光バスに山岳ガイドとどもに乗り込むが、そこで武装した傭兵集団に遭遇する。マイクは自らだけでなく、旅行客や地元の村を守る為、再び決死の戦いに挑むのだった。

幼い頃、裏社会を牛耳る冷酷な父親とともに狩猟に出かけた際、巨大なライオンに襲われた事でクレイヴンは「百獣の王」のパワーを身に宿す。クレイヴンは自身の父親が世の中にもたらした悪を始末するべく、金儲けの為に動物を殺める人間たちを次々と狩っていく。やがて、縁を切ったはずの父親との対峙を余儀なくされ、クレイヴンは全身が硬い皮膚に覆われた巨大な怪物ライノの出現で戦いは苛烈になっていくのだった。

ジャーナリストのエディ・ブロックは地球外生命体シンビオートが寄生して誕生したヴェノムとともに強敵カーネイジを倒して世界の危機を救った。しかし、その戦いの結果、政府機関から追われる身となったエディとヴェノムは、メキシコで逃亡生活を送る事になる。そんな彼らの前にシンビオートの創造主で、宇宙の果てに封じられた邪神ヌルがヴェノムの持つあるモノを狙ってシンビオートハンターのゼノファージを送り込むのだった。

アメリカ大統領ロスが開く国際会議でテロ事件が発生し、それをきっかけに生まれた各国の対立が世界大戦の危機に発展してしまう。この混乱を食い止めるとする新キャプテン・アメリカことサム・ウィルソンはに、赤いハルクと化したロス大統領が襲いかかる。だが、すべてはある人物によって仕込まれた陰謀であり、サムはキャプテン・アメリカとして新たな敵に立ち向かうのだった。

姉を失った事で空虚な日々を送っていた暗殺者のエレーナは、謎多きCIA長官ヴァレンティーナからの指令を受けて、ある施設へ向かう。そこには同じく集められたジョン・ウォーカー、ゴースト、タスクマスターが一堂に会し、記憶を失ったボブという謎の男も現れる。思わぬ危機が訪れた事で一同は協力して窮地を乗り切り、エレーナを助けに来た父親アレクセイ、バッキー・バーンズも合流して即席「サンダーボルツ＊」が結成されるのだった。

アメリカの片田舎で養蜂家として隠遁生活を送る謎めいた男アダム・クレイはある日、恩人である善良な老婦人が詐欺に遭って自殺を遂げる。怒りに燃えるクレイは社会の害悪を排除するべく、過去に所属していた世界最強の秘密組織「ビーキーパー」を使い詐欺グループを突き止める。単身で詐欺グループのアジトに侵入し、事件の黒幕に迫ってFBIやCIA、元同業者たちを巻き込む激しい闘争へ発展させるのだった。