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かつて有能な傭兵として活躍していたウェイド・ウィルソンは、ヒーロー気取りで悪いヤツらをこらしめ日銭を稼いでいた。 ある日、娼婦のヴァネッサと出会い本当の愛を知り、結婚を決意した矢先、末期ガンである事を告げられる。 そこでウェイドはある男に紹介された怪しげな治療を最後の望みとして被験者となる。 だが、それは無敵の戦闘マシーンに改造する人体実験で、ウェイドはその副作用によって、マスクを被ってデッドプールとして生きる事を余儀なくされるのだった。

東京湾羽田沖で大量の水蒸気が噴出し、同時に海底を通る東京湾アクアラインでもトンネルの崩落事故が発生する。 その原因は間もなく海上に現れた巨大生物の仕業だと知ると、急遽政府は「巨大不明生物特設災害対策本部」を設置。 巨大生物は原子炉のような器官を備え、数年前から出現を予測していた日本人科学者の牧悟郎の残した資料から「ゴジラ」と巨大生物は命名されるのだった。

親友テリーの誕生日パーティに参加する為にロサンゼルスに来ていたジャロッドとエレイン。 パーティの会場がある高層マンションのペントハウスで楽しい一夜を明かすが、早朝に仲間の一人が青白いひかりの中に吸い込まれてしまう。 ジャロッドも青白い光に包まれるも間一髪のところでエレインに助けられ、空が明るくなると巨大な未確認飛行物体が大量に飛来し、地上から人間を次々と吸い上げるのだった。

発明オタクの少年リード・リチャーズは小学校５年生で同級生のベン・グリムとともに物質転送装置を発明する。 ７年後、バクスター財団のストーム博士に見出され、彼の養女スー、息子ジョニー、研究者ヴィクターとともに本格的な転送装置を開発する。 ベンも転送実験に参加し、異次元空間“プラネット・ゼロ”に転送されるも、思わぬ事故が起きてしまうのだった。

バツイチで無職のスコット・ラングは養育費も払えず、このままでは最愛の娘キャシーにも会えなくなってしまう。 人生まさに崖っぷちのスコットは、ひょんな成り行きから天才科学者ハンク・ピム博士にある事を頼まれる。 それはピム博士が開発した特殊なスーツを着て、わずか1.5㎝のスーパーヒーロー“アントマン”になるという事だった。

謎の侵略者“ギタイ”の攻撃によって人類は滅亡寸前まで追い込まれていた。 そんな中、軍の広報担当だったケイジ少佐は、司令官の怒りを買ってしまい一兵卒として最前線へと送り込まれてしまう。 戦闘能力皆無のケイジはギタイとともに自爆してしまうが、次の瞬間、彼は出撃の前日へと戻って目を覚ました。 こうして同じ日を何度も繰り返すうちに自爆で浴びたギタイから得たループ能力により、人類の勝利のカギを握る事になるのだった。