渡辺謙

ゴジラが巨大生物ムートーと死闘を繰り広げ、サンフランシスコに壊滅的な被害をもたらしてから5年が時が過ぎた。 その戦いに巻き込まれて夫のマークと破局を迎えた科学者のエマは、特務機関モナークで怪獣とコミュニケーションがとれる装置の開発をしていた。 そんなある日、エマと娘のマディソンが装置を狙う環境テロリストのジョナ一味にさらわれると、事態を重く見たモナークの芹沢博士とグレアム博士はマークにも協力を仰ぐのだった。

ある日、青年ティムは敏腕刑事だった父ハリーが事故で亡くなったと知り、荷物を整理する為にライムシティへやって来る。 探偵業を営んでいたハリーの部屋でティムは一匹のピカチュウに出会い、なぜか成人男性の声に聞こえて話す内容も理解できた。 ピカチュウは記憶喪失である事を明かし、自分はハリーの元相棒だと訴え、ティムとともに新米記者ルーシーの協力で謎の薬品を巡る事件を追うのだった。

1999年のフィリピン、採掘現場の調査にやって来た芹沢博士とグレアム博士は謎の巨大生物の痕跡を発見する。 同じ頃、科学者のジョーと妻のサンドラが働く日本の原子力発電所が謎の大振動によって放射能事故を起こしてしまう。 15年後、ジョーが日本で立入禁止区域に侵入した事で、アメリカで暮らす海軍所属の息子ジョーが迎えに来る。 しかし、ジョーは未だに原発事故の真相を追い求め、ジョーとともに再び立入禁止区域へと足を踏み入れるのだった。