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アチェロンから離脱したスラコ号は突発事故に見舞われ、リプリーたちは救難艇で惑星フィオリーナ161へ不時着した。一人生き残ったリプリーは労働矯正施設で、事故の原因を究明しようするが、その惑星が過酷な環境だと知って戸惑う。救助艇内部に潜んでいたフェイスハガーが囚人の飼い犬に寄生し、新たな四足で走るドッグ・エイリアンが誕生してしまうのだった。

ノストロモ号事件唯一の生存者、二等航宙士リプリーが眠るシャトルは５７年後にようやく発見され、ゲッタウェイ・ステーションに回収される。エイリアンの存在と危険性を会社に訴えるリプリーだったが、その惑星はアチェロンと名付けられ、数十家族が移り住む植民惑星となっていた。そして、アチェロンから連絡が途絶え、調査の為に宇宙海兵隊とともにリプリーはアドバイザーとして悪夢の星へ旅立つのだった。

地球への帰途につく宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受け未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在し、調べていた航宙士ケインに中から奇妙な生物が顔に貼り付く。ケインをノストロモ号へと回収し、しばらくして生物が顔から剥がれ、意識を取り戻しクルーたちと食事をしていた時、彼に異変が起きて、腹を突き破ったエイリアンが飛び出す。エイリアンは広い船内で姿を隠しながら脱皮して巨大に成長して、クルーたちを一人ずつ血祭りに上げていくのだった。

5年前、相棒のＫとともに地球の危機を救ったＪは、今やMIBのエリート捜査官となり、に日常業務を淡々とこなす平穏な日々を送っていた。しかし、そんなＪの前に下着モデルに化けた超セクシーな宇宙人のサーリーナによってMIBを占拠されてしまう。なんとか逃げ延びたＪはMIBを取り戻し、サーリーナを倒すべく引退して郵便局員として働くＫを頼ろうとするのだった。

ニューヨーク市警の警官ジェームズは逃走中の犯人が人間じゃないと知り、その記憶は警察署に現れた黒服の男“Ｋ”によって消されてしまう。Ｋは“MIB”と呼ばれるエイリアン監視組織の一員で、エイリアンを追跡したジェームズの腕を認めてスカウトしていた。ジェームズは一切の過去と記録を抹消され、MIBの新たなエージェント“Ｊ”としてＫとコンビを組んでエイリアンの監視を始めるのだった。

2012年のニューヨーク、科学者のロバート・ネビルは3年前に起きた地球規模の災厄を潜り抜け、たった一人生き残っていた。ネビルは愛犬のサムと無人の店舗で食料品や日用品を調達し、セントラルパークに畑を作って生き延びる日々を過ごし、一方で毎日ラジオで呼びかけて生存者を探していた。孤独なネビルは人類を絶滅に追いやった原因を取り除き、再生の道を探る為に孤独な研究に奔走するのだった。

コスタリカの沖合いに浮かぶ離れ小島の“サイトB”は、ジュラシック・パーク計画において恐竜のクローン生産の為の拠点であった。ところがハモンドの会社が倒産寸前となり、この危機を救おうと甥のルドローが恐竜を生け捕りにして見世物にいしょうと計画する。マルコムはハモンドの探検隊のリーダーを依頼されるも一度断るが、現地に恋人の恐竜学者サラがいると知って仕方なく引き受けるのだった。

大富豪のジョン・ハモンドの招待で古生物学者のグラントとサトラー、それと数学者のマルコムが南米コスタリカの沖合いに浮かぶ島を訪れた。そこは太古の琥珀に閉じ込められたDNAから遺伝子工学で恐竜たちが蘇らせ、壮大なアミューズメント・パークと化していた。オープンを控えた“ジュラシック・パーク”に次々とトラブルが襲いかかり、ついに恐竜たちが解き放たれてグラント博士たちに牙を剥くのだった。

21世紀末、新種のウイルスが蔓延し、感染した人間は“ファージ”と呼ばれ、超人的な知能と運動能力を身につける代わりに寿命が12年となる。社会から恐れられたファージたちは地下組織を結成するが、掃討作戦を開始した政府は殲滅の切り札となる最終兵器の開発に成功する。かつて、感染した夫と子供を政府に殺され復讐に燃えるヴァイオレットは、兵器の入ったケースを奪うも、それが9歳の少年だと知るのだった。

1899年のロンドン、英国銀行が世界征服を企む鉄仮面のリーダー“ファントム”が率いる謎の軍団に襲撃され、古い海上都市の設計図を盗んでいった。危機感を持った英国政府は世界大戦の勃発を防ぐべく、冒険家のアラン・クォーターメインに最強のチームの招集を依頼する。クォーターメインの元にアメリカの若き諜報員、透明人間、怪物に変身する男、海賊船の船長、不死身の男、吸血鬼が集い、7人による超人同盟“ザ・リーグ”が結成されるのだった。

ある日、日本の駿河湾が凍りつき、エジプトでは突然の大雪、更にロサンゼルスでは大停電という怪現象が次々と起きていた。そんな中で、リードとスーが結婚するという話題で持ち切りになり、挙式の当日、ニューヨークに銀色のボードに乗る人型をした宇宙人が出現する。リードたちは謎の解明に奔走していると、シルバーサーファーと名付けると、彼から地球が8日以内に滅びると告げられるのだった。

天才科学者のリード・リチャーズは人類の進化に多大な影響を与える宇宙嵐が地球に接近している事を突き止めた。リードは億万長者の実業家であるヴィクター・ヴァン・ドゥームの協力を得て、元恋人のスー、その弟でパイロットのジョニー、親友のベンと宇宙へ飛び出つ。しかし、5人は宇宙ステーションで宇宙放射線による雲の中に巻き込まれ、それぞれが特殊な能力を手に入れてしまうのだった。

ミシガン州に住むデヴィッドは同級生のミリーに片思いする普通の高校生だったが、ある日、川に落ちて溺れそうになった瞬間に図書館へ移動していた。デヴィッドは自分にテレポート能力があると知り、母が家を出て以来、人が変わった父親の元を離れてニューヨークへ跳んだ。10年後、テレポート能力で世界中を旅していたデヴィッドだが、同じ能力を持つグリフィンとの出会いで自分たちを狙う危険な組織の存在を知るのだった。

雷によってタイムマシンとともに消えたドクを探そうと、1955年にいたマーティは当時のドクにまたしても協力を求めた。1885年にタイムトラベルしたドクから手紙を受け取ったマーティは、保管されていたデロリアン・タイムマシンを修理して、西部開拓時代へ向かう。鍛冶屋として暮らしていたドクは、赴任した教師のクララと恋に落ちる中、ビフの先祖だったビュフォードに絡まれ、またしても現代に戻るまでトラブルに見舞われるのだった。

未来から帰ってきた天才科学者ドクが1985年へ来ると、マーティとジェニファーの子供に問題が起きるとして立ち止まっていた二人を連れ出した。未来に行ったマーティが息子の裁判沙汰を止めるが、スポーツ年鑑で賭けをして大金持ちになれると思って持ち帰ろうとするが、歴史が変わるとしてドクに捨てられる。その光景を見ていた未来のビフがスポーツ年鑑を拾うと、マーティたちの隙をついて過去の自分に渡して、歴史を変えてしまうのだった。

友人の天才科学者ドクの使ったデロリアン・タイムマシンに誤って乗り込んだ高校生のマーティは30年前の世界へタイムトラベルしてしまう。その世界でマーティは若いドクの協力を得て元の世界へ帰る方法を見つけるが、彼は若い頃の母親に惚れられたせいで歴史が変化していた。元の正しい世界を修復するべくマーティは父親と母親をくっつけようと奮闘する中、時計台に落ちる雷のエネルギーで元の世界へ帰る時間が迫っていくのだった。