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ある日、青年ティムは敏腕刑事だった父ハリーが事故で亡くなったと知り、荷物を整理する為にライムシティへやって来る。 探偵業を営んでいたハリーの部屋でティムは一匹のピカチュウに出会い、なぜか成人男性の声に聞こえて話す内容も理解できた。 ピカチュウは記憶喪失である事を明かし、自分はハリーの元相棒だと訴え、ティムとともに新米記者ルーシーの協力で謎の薬品を巡る事件を追うのだった。