リップ・トーン

5年前、相棒のＫとともに地球の危機を救ったＪは、今やMIBのエリート捜査官となり、に日常業務を淡々とこなす平穏な日々を送っていた。 しかし、そんなＪの前に下着モデルに化けた超セクシーな宇宙人のサーリーナによってMIBを占拠されてしまう。 なんとか逃げ延びたＪはMIBを取り戻し、サーリーナを倒すべく引退して郵便局員として働くＫを頼ろうとするのだった。

ニューヨーク市警の警官ジェームズは逃走中の犯人が人間じゃないと知り、その記憶は警察署に現れた黒服の男“Ｋ”によって消されてしまう。 Ｋは“MIB”と呼ばれるエイリアン監視組織の一員で、エイリアンを追跡したジェームズの腕を認めてスカウトしていた。 ジェームズは一切の過去と記録を抹消され、MIBの新たなエージェント“Ｊ”としてＫとコンビを組んでエイリアンの監視を始めるのだった。