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科学者のブルース・バナーは恋人のベティの父であるロス将軍の命令を受けて人体への放射線抵抗を研究していた。ところがその研究実験中に事故が発生し、大量のガンマ線を浴びたブルースは、怒りを感じて心拍数が200を越えると巨大な緑の怪物に変身してしまう。逃亡していたブルースを捕まえるべく、派遣された特殊部隊の兵士ブロンスキーがその力に魅了されてしまうのだった。

巨大軍事企業「スターク・インダストリーズ」の社長で天才的な頭脳を持つトニー・スタークは、テロリスト集団「テン・リングス」に拉致される。胸に深い致命傷を負ったトニーは、インセンの手術を受けて破片が心臓に届かないようにリアクターを胸に埋め込み、パワードスーツを作って脱出した。この出来事で自社の兵器がテロリストに使われていると知り、トニーは新たなパワードスーツを作り「アイアンマン」を完成させるのだった。

極大陸での死闘で倒れたプレデターの宇宙船でチェストバスターが飛び出し、両者の能力を持つ“プレデタリアン”が誕生してしまう。プレデターたちを次々と殺害したプレデタリアンにより宇宙船はコロラドの森に墜落し、船内に潜んでいたエイリアンたちが解き放たれる。一方、船の異変を察知したプレデター側も、エイリアンを駆逐するべく、ニュー・プレデター“ザ・クリーナー”を地球へ送り込むのだった。

2004年、巨大企業ウェランド社に謎の熱源が南極大陸の地下深くで発生しているという衛星データが送られてくる。経営者であるチャールズ・ビショップ・ウェイランドは現地調査を決断し、環境問題の専門家で女性冒険家のレックスら各分野の専門家を招集する。熱源の場所にたどり着いた一行は、そこで巨大なピラミッドを発見し、調査を進める彼らはプレデターとエイリアンの歴史を知るのだった。

麻薬組織のアジトに突入したハリガン警部補たちは、そこで血の海と化した現場を目撃する。その後、次々と組織の大物たちが正体不明の敵に惨殺され、捜査を続けるハリガン警部補たちは残忍なやり方に戸惑っていた。そこに連邦麻薬連邦調査局のキースがやって来ると、独自の調査から相手が人間ではないと判明して、捕獲しようとするのだった。

リプリーの死から200年後、医療研究用宇宙船オリガ号でクローン技術によって復活する。体内に残されたエイリアン・クイーンを摘出され、副産物のリプリー8号も実験台となる。そこへ宇宙貨物船ベティのエルジンたちが荷物を運び出し、寄生された荷物からエイリアンが次々と誕生する。そんな中、ベティの新米クルーであるコールがレン博士たちの悪事を知り、それを止めようと動き出すのだった。

アチェロンから離脱したスラコ号は突発事故に見舞われ、リプリーたちは救難艇で惑星フィオリーナ161へ不時着した。一人生き残ったリプリーは労働矯正施設で、事故の原因を究明しようするが、その惑星が過酷な環境だと知って戸惑う。救助艇内部に潜んでいたフェイスハガーが囚人の飼い犬に寄生し、新たな四足で走るドッグ・エイリアンが誕生してしまうのだった。

ノストロモ号事件唯一の生存者、二等航宙士リプリーが眠るシャトルは５７年後にようやく発見され、ゲッタウェイ・ステーションに回収される。エイリアンの存在と危険性を会社に訴えるリプリーだったが、その惑星はアチェロンと名付けられ、数十家族が移り住む植民惑星となっていた。そして、アチェロンから連絡が途絶え、調査の為に宇宙海兵隊とともにリプリーはアドバイザーとして悪夢の星へ旅立つのだった。

地球への帰途につく宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受け未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在し、調べていた航宙士ケインに中から奇妙な生物が顔に貼り付く。ケインをノストロモ号へと回収し、しばらくして生物が顔から剥がれ、意識を取り戻しクルーたちと食事をしていた時、彼に異変が起きて、腹を突き破ったエイリアンが飛び出す。エイリアンは広い船内で姿を隠しながら脱皮して巨大に成長して、クルーたちを一人ずつ血祭りに上げていくのだった。

5年前、相棒のＫとともに地球の危機を救ったＪは、今やMIBのエリート捜査官となり、に日常業務を淡々とこなす平穏な日々を送っていた。しかし、そんなＪの前に下着モデルに化けた超セクシーな宇宙人のサーリーナによってMIBを占拠されてしまう。なんとか逃げ延びたＪはMIBを取り戻し、サーリーナを倒すべく引退して郵便局員として働くＫを頼ろうとするのだった。

ニューヨーク市警の警官ジェームズは逃走中の犯人が人間じゃないと知り、その記憶は警察署に現れた黒服の男“Ｋ”によって消されてしまう。Ｋは“MIB”と呼ばれるエイリアン監視組織の一員で、エイリアンを追跡したジェームズの腕を認めてスカウトしていた。ジェームズは一切の過去と記録を抹消され、MIBの新たなエージェント“Ｊ”としてＫとコンビを組んでエイリアンの監視を始めるのだった。

2012年のニューヨーク、科学者のロバート・ネビルは3年前に起きた地球規模の災厄を潜り抜け、たった一人生き残っていた。ネビルは愛犬のサムと無人の店舗で食料品や日用品を調達し、セントラルパークに畑を作って生き延びる日々を過ごし、一方で毎日ラジオで呼びかけて生存者を探していた。孤独なネビルは人類を絶滅に追いやった原因を取り除き、再生の道を探る為に孤独な研究に奔走するのだった。

コスタリカの沖合いに浮かぶ離れ小島の“サイトB”は、ジュラシック・パーク計画において恐竜のクローン生産の為の拠点であった。ところがハモンドの会社が倒産寸前となり、この危機を救おうと甥のルドローが恐竜を生け捕りにして見世物にいしょうと計画する。マルコムはハモンドの探検隊のリーダーを依頼されるも一度断るが、現地に恋人の恐竜学者サラがいると知って仕方なく引き受けるのだった。

大富豪のジョン・ハモンドの招待で古生物学者のグラントとサトラー、それと数学者のマルコムが南米コスタリカの沖合いに浮かぶ島を訪れた。そこは太古の琥珀に閉じ込められたDNAから遺伝子工学で恐竜たちが蘇らせ、壮大なアミューズメント・パークと化していた。オープンを控えた“ジュラシック・パーク”に次々とトラブルが襲いかかり、ついに恐竜たちが解き放たれてグラント博士たちに牙を剥くのだった。