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1899年のロンドン、英国銀行が世界征服を企む鉄仮面のリーダー“ファントム”が率いる謎の軍団に襲撃され、古い海上都市の設計図を盗んでいった。危機感を持った英国政府は世界大戦の勃発を防ぐべく、冒険家のアラン・クォーターメインに最強のチームの招集を依頼する。クォーターメインの元にアメリカの若き諜報員、透明人間、怪物に変身する男、海賊船の船長、不死身の男、吸血鬼が集い、7人による超人同盟“ザ・リーグ”が結成されるのだった。

ある日、日本の駿河湾が凍りつき、エジプトでは突然の大雪、更にロサンゼルスでは大停電という怪現象が次々と起きていた。そんな中で、リードとスーが結婚するという話題で持ち切りになり、挙式の当日、ニューヨークに銀色のボードに乗る人型をした宇宙人が出現する。リードたちは謎の解明に奔走していると、シルバーサーファーと名付けると、彼から地球が8日以内に滅びると告げられるのだった。

天才科学者のリード・リチャーズは人類の進化に多大な影響を与える宇宙嵐が地球に接近している事を突き止めた。リードは億万長者の実業家であるヴィクター・ヴァン・ドゥームの協力を得て、元恋人のスー、その弟でパイロットのジョニー、親友のベンと宇宙へ飛び出つ。しかし、5人は宇宙ステーションで宇宙放射線による雲の中に巻き込まれ、それぞれが特殊な能力を手に入れてしまうのだった。

ミシガン州に住むデヴィッドは同級生のミリーに片思いする普通の高校生だったが、ある日、川に落ちて溺れそうになった瞬間に図書館へ移動していた。デヴィッドは自分にテレポート能力があると知り、母が家を出て以来、人が変わった父親の元を離れてニューヨークへ跳んだ。10年後、テレポート能力で世界中を旅していたデヴィッドだが、同じ能力を持つグリフィンとの出会いで自分たちを狙う危険な組織の存在を知るのだった。

雷によってタイムマシンとともに消えたドクを探そうと、1955年にいたマーティは当時のドクにまたしても協力を求めた。1885年にタイムトラベルしたドクから手紙を受け取ったマーティは、保管されていたデロリアン・タイムマシンを修理して、西部開拓時代へ向かう。鍛冶屋として暮らしていたドクは、赴任した教師のクララと恋に落ちる中、ビフの先祖だったビュフォードに絡まれ、またしても現代に戻るまでトラブルに見舞われるのだった。

未来から帰ってきた天才科学者ドクが1985年へ来ると、マーティとジェニファーの子供に問題が起きるとして立ち止まっていた二人を連れ出した。未来に行ったマーティが息子の裁判沙汰を止めるが、スポーツ年鑑で賭けをして大金持ちになれると思って持ち帰ろうとするが、歴史が変わるとしてドクに捨てられる。その光景を見ていた未来のビフがスポーツ年鑑を拾うと、マーティたちの隙をついて過去の自分に渡して、歴史を変えてしまうのだった。

友人の天才科学者ドクの使ったデロリアン・タイムマシンに誤って乗り込んだ高校生のマーティは30年前の世界へタイムトラベルしてしまう。その世界でマーティは若いドクの協力を得て元の世界へ帰る方法を見つけるが、彼は若い頃の母親に惚れられたせいで歴史が変化していた。元の正しい世界を修復するべくマーティは父親と母親をくっつけようと奮闘する中、時計台に落ちる雷のエネルギーで元の世界へ帰る時間が迫っていくのだった。