2012-10

月面にある銀河系刑務所から凶悪なボグロダイト星人のボリスが脱獄する。 これまでコンビでエイリアンの監視にあたってきたMIBのＪとＫだったが、突如Ｋの行動に異変が起きてしまう。 翌日、MIBへ行くとＫは40年前に亡くなったと言われるが、実はボリスが過去へタイムスリップして歴史を書き換えていた。 すべてを知っていたＪは若いＫと地球を救うべく、40年前の過去へとタイムスリップするのだった。