東宝

ゴジラが巨大生物ムートーと死闘を繰り広げ、サンフランシスコに壊滅的な被害をもたらしてから5年が時が過ぎた。 その戦いに巻き込まれて夫のマークと破局を迎えた科学者のエマは、特務機関モナークで怪獣とコミュニケーションがとれる装置の開発をしていた。 そんなある日、エマと娘のマディソンが装置を狙う環境テロリストのジョナ一味にさらわれると、事態を重く見たモナークの芹沢博士とグレアム博士はマークにも協力を仰ぐのだった。

1999年のフィリピン、採掘現場の調査にやって来た芹沢博士とグレアム博士は謎の巨大生物の痕跡を発見する。 同じ頃、科学者のジョーと妻のサンドラが働く日本の原子力発電所が謎の大振動によって放射能事故を起こしてしまう。 15年後、ジョーが日本で立入禁止区域に侵入した事で、アメリカで暮らす海軍所属の息子ジョーが迎えに来る。 しかし、ジョーは未だに原発事故の真相を追い求め、ジョーとともに再び立入禁止区域へと足を踏み入れるのだった。