本田翼

暴食のホムンクルス・グラトニーに飲み込まれてしまったエドたちは、ちょっとした思いつきの方法で脱出する事に成功した。そんな彼らの前にホーエンハイムとまったく同じ姿をした「お父様」と呼ばれる男が現れ、彼こそエルリック兄弟が戦ってきたホムンクルスの生みの親だと判明する。国家の秘密と「約束の日」やホーエンハイムの過去などの謎と真実が解き明かされる中、エドとアルは軍の暗部に立ち向かうマスタングやリンたちと陰謀を阻止していくのだった。

錬金術最大の禁忌を破った為、肉体を取り戻すべく“賢者の石”を探し求める錬金術師のエドと鎧姿となったアルのエルリック兄弟。そんな中、国家錬金術師ばかりを狙った連続殺人事件が発生し、その犯人はスカーと呼ばれる額に十字傷のある謎の男と判明する。やがてエルリック兄弟も狙われ、スカーが持つ圧倒的な強さの前に絶体絶命のピンチに立たされてしまうのだった。

日本人の父と韓国人の母の間に生まれ、アメリカで育った東都新聞社会部の若手記者・吉岡エリカ。エリカは記者会見でただ一人鋭い質問を繰り返し、官邸への遠慮が蔓延する記者クラブの中で厄介者扱いされ、社内でも異端視されていた。そんなある日、社会部の大学新設計画に関する極秘情報が匿名FAXで届き、エリカは上司の陣野から調査を任されるのだった。

天候が不順で雨が降り続く夏の東京、離島の実家を家出した高校生の森嶋帆高はバイトが見つけられず都会の厳しさにうちのめされていた。そんな時、帆高は小さな編集プロダクションを経営する須賀圭介に拾われ、住み込みで働く事でなんとか食いつなぐ事に。帆高は事務所で働く女子大生の夏美とともに怪しげなオカルト雑誌の取材を任され、そこで弟と二人で暮らす明るい少女の天野陽菜と出会うのだった。

錬金術師の兄弟エドとアルは、亡くなった母を生き返らせようとして失敗してしまう。その結果、エドは右腕と左脚を失ってしまい、弟のアルは全身を失う事になる。やがて兄弟は失った身体を取り戻す為、そのカギとなる伝説の“賢者の石”を求めて旅に出るのだった。