トーマス・ジェーン

初老の男ウィルフレッド・リーランド・ジェイムズはホテルの一室で、過去に犯した妻殺しの顛末を書き記していた。1922年、ネブラスカ州の片田舎で農場を営むウィルフレッドは妻アルレットと14歳の息子ハンクは土地の問題を抱えていた。アルレットが田舎暮らしを嫌い土地の権利を売って都会へ引っ越したいと言い出すと、農場を離れたくないウィルフレッドは妻の殺害を決意するのだった。

太平洋上に建造された海洋医学研究施設「アクアティカ」では、凶悪なマコシャークの脳組織から新薬を製造する研究が行われていｔあ。しかし、研究を急いだスーザン博士がサメの遺伝子を操作した為、巨大化して高度な知能を持つ新種に変異してしまう。激しい嵐が見舞われる中、人類と同等の知能を持った巨大サメは、アクアティカの人間相手に殺戮ゲームを開始するのだった。

暗黒街に君臨する資産家のハワード・セイントは溺愛する次男のボビーがFBIの武器取引のおとり捜査で殺害される。その報復としてFBI潜入捜査官だったフランク・キャッスルとその家族を殺害するが、運良くフランクだけが生き残ってしまう。数ヶ月が経過しても裁かれないセイントたちに法律の限界を悟り、自ら“パニッシャー”となって復讐を開始するのだった。