本郷奏多

暴食のホムンクルス・グラトニーに飲み込まれてしまったエドたちは、ちょっとした思いつきの方法で脱出する事に成功した。そんな彼らの前にホーエンハイムとまったく同じ姿をした「お父様」と呼ばれる男が現れ、彼こそエルリック兄弟が戦ってきたホムンクルスの生みの親だと判明する。国家の秘密と「約束の日」やホーエンハイムの過去などの謎と真実が解き明かされる中、エドとアルは軍の暗部に立ち向かうマスタングやリンたちと陰謀を阻止していくのだった。

錬金術最大の禁忌を破った為、肉体を取り戻すべく“賢者の石”を探し求める錬金術師のエドと鎧姿となったアルのエルリック兄弟。そんな中、国家錬金術師ばかりを狙った連続殺人事件が発生し、その犯人はスカーと呼ばれる額に十字傷のある謎の男と判明する。やがてエルリック兄弟も狙われ、スカーが持つ圧倒的な強さの前に絶体絶命のピンチに立たされてしまうのだった。

日給30万円の怪しいアルバイトに手を出し、組織に捕まりとあるダイナーで新人ウェイトレスとして働く事になったオオバカナコ。しかし、客の全員が殺し屋という特殊なダイナーで、その中で元殺し屋で天才シェフのボンベロは王のように君臨している。イカれた殺し屋たちが次々と現れ、殺し合いさえ日常茶飯事の狂った世界で、オオバカナコは必死に生き延びようとするのだった。

錬金術師の兄弟エドとアルは、亡くなった母を生き返らせようとして失敗してしまう。その結果、エドは右腕と左脚を失ってしまい、弟のアルは全身を失う事になる。やがて兄弟は失った身体を取り戻す為、そのカギとなる伝説の“賢者の石”を求めて旅に出るのだった。