内野聖陽

暴食のホムンクルス・グラトニーに飲み込まれてしまったエドたちは、ちょっとした思いつきの方法で脱出する事に成功した。 そんな彼らの前にホーエンハイムとまったく同じ姿をした「お父様」と呼ばれる男が現れ、彼こそエルリック兄弟が戦ってきたホムンクルスの生みの親だと判明する。 国家の秘密と「約束の日」やホーエンハイムの過去などの謎と真実が解き明かされる中、エドとアルは軍の暗部に立ち向かうマスタングやリンたちと陰謀を阻止していくのだった。

錬金術最大の禁忌を破った為、肉体を取り戻すべく“賢者の石”を探し求める錬金術師のエドと鎧姿となったアルのエルリック兄弟。 そんな中、国家錬金術師ばかりを狙った連続殺人事件が発生し、その犯人はスカーと呼ばれる額に十字傷のある謎の男と判明する。 やがてエルリック兄弟も狙われ、スカーが持つ圧倒的な強さの前に絶体絶命のピンチに立たされてしまうのだった。

新宿で車上生活を送る名越進は、記憶も感情も失い、謎めいた研修医の伊藤学と出会って頭蓋骨に穴を空ける“トレパネーション”という手術を受ける。 しかし、それは禁断の実験で、名越が右目を手で覆い、左目だけで見ると他人の心の歪みが視覚化された人間の異形の姿“ホムンクルス”に変貌していた。 こうして、否応なしに人間の心の闇と対峙するハメになった名越は、様々なトラウマを抱えた者たちとの出会いで混乱していくのだった。