ジョニー・ノックスビル

5年前、相棒のＫとともに地球の危機を救ったＪは、今やMIBのエリート捜査官となり、に日常業務を淡々とこなす平穏な日々を送っていた。しかし、そんなＪの前に下着モデルに化けた超セクシーな宇宙人のサーリーナによってMIBを占拠されてしまう。なんとか逃げ延びたＪはMIBを取り戻し、サーリーナを倒すべく引退して郵便局員として働くＫを頼ろうとするのだった。