ジェマイン・クレメント

恐るべき人工知能を持つミーガンからの暴走から2年、開発者であるジェマは、AI技術の政府監視を提唱する著名な作家として活動し、姪で現在14歳のケイディは反抗期となっていた。そんなある日、ミーガンの技術を元に開発された究極の殺人兵器「アメリア」が開発されるが、制御を失い殺人を始めていく。事態を食い止める為、ジェマはかつて自らの手で葬ったミーガンを凶悪にアップデートし、対抗させようと動き出すのだった。

月面にある銀河系刑務所から凶悪なボグロダイト星人のボリスが脱獄する。これまでコンビでエイリアンの監視にあたってきたMIBのＪとＫだったが、突如Ｋの行動に異変が起きてしまう。翌日、MIBへ行くとＫは40年前に亡くなったと言われるが、実はボリスが過去へタイムスリップして歴史を書き換えていた。すべてを知っていたＪは若いＫと地球を救うべく、40年前の過去へとタイムスリップするのだった。