【アース・レスキュー・デイ】RE-3899
上空に現れた未知なる巨大生命体から放たれた無数の侵略者“エイリアン”が人類を襲い、瞬く間に地球が破壊され、人間は地下での生活を余儀なくされてしまう。
それから20年後、侵略者に支配された地上を取り戻そうと、人類は連合政権を発足し、究極の電磁兵器イを完成させて決戦を控えていた。
しかし、人類の狙いを察知した巨大生命体は、莫大な数のエイリアンを放ち、今度は地下都市への侵入を開始する中、前線にいた黒隼隊は“空飛び”を味方につけて最終決戦に挑むのだった。